監

鮎澤パートナーズ｜税理士・公認会計士・社会保険労務士・行政書士
税理士（第142873号）・公認会計士（第28451号）・社会保険労務士・行政書士が監修。年間500件以上の確定申告を支援。

📋 税理士監修 🆕 令和8年度改正対応 🏠 住宅区分別ガイド

住宅ローン控除を初年度に確定申告する方法【必要書類と記入例】

マイホームを取得した翌年は、会社員でも住宅ローン控除を受けるために自分で確定申告する必要があります。本記事では住宅区分別の必要書類、省エネ基準別の借入限度額、子育て世帯の上乗せ、e-Tax入力手順、連帯債務・ペアローンの処理まで、初年度の確定申告で迷わないように実務目線で整理します。

🏆 結論：初年度は確定申告必須、2年目以降は年末調整に切替

住宅ローン控除は、入居した年の翌年に確定申告を行うのが基本です。会社員の方でも初年度は確定申告必須で、2年目以降は年末調整で控除を受けられます。必要書類は住宅区分（新築/中古/省エネ基準）で異なり、令和6年以降の新築では省エネ基準適合が原則必須となっています。連帯債務やペアローンは持分に応じて夫婦それぞれが申告します。

住宅ローン控除の基本としくみ

住宅ローン控除（正式名称：住宅借入金等特別控除）は、租税特別措置法第41条に規定された制度です。住宅ローンを利用してマイホームを新築・取得・増改築した場合、年末のローン残高に応じて所得税が控除され、控除しきれない分は住民税からも控除されます。

制度のポイント

項目	内容
控除率	年末ローン残高の0.7%
控除期間	新築：13年、中古：10年（区分により異なる）
借入限度額	省エネ基準・世帯属性により2,000万〜5,000万円
所得要件	合計所得金額2,000万円以下
床面積要件	原則50㎡以上（合計所得1,000万以下なら40㎡以上特例あり）
居住要件	取得後6ヶ月以内に入居・継続居住
借入要件	償還期間10年以上の住宅ローン
住民税控除	所得税で控除しきれない分は翌年度住民税から（上限97,500円）

なぜ初年度は確定申告が必要なのか

会社員でも初年度は確定申告が必須です。理由は、税務署が「住宅取得・住宅ローンの要件をすべて満たしているか」を初回に審査する必要があるためです。初年度の申告が承認されると、翌年10月頃に税務署から「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」が送付され、2年目以降は勤務先の年末調整で控除を受けられます。

💡 実務のポイント：5年遡及できる

初年度の確定申告を忘れた場合、入居翌年の1月1日から5年間は還付申告が可能です。「住宅を買って数年経つけど控除を申告していない」という方も、過去5年分まで遡って取り戻せます。ただし、各年の年末ローン残高証明書や登記事項証明書など書類の準備が必要なので、早めに着手するのが得策です。

令和7年入居の借入限度額（省エネ基準別・世帯別）

令和6年以降は省エネ基準適合が事実上の必須要件となり、住宅区分が細かく分かれています。令和7年入居の場合の借入限度額をまとめます。

新築住宅・買取再販の借入限度額

住宅区分	一般世帯 (令和7年入居)	子育て・若者夫婦世帯 (令和7年入居)	控除期間
認定長期優良住宅・低炭素住宅	4,500万円	5,000万円	13年
ZEH水準省エネ住宅	3,500万円	4,500万円	13年
省エネ基準適合住宅	3,000万円	4,000万円	13年
その他の住宅(省エネ基準非適合)	借入限度額0(原則控除不可)	借入限度額0(原則控除不可)	―

※「子育て・若者夫婦世帯」とは、19歳未満の扶養親族を有する世帯または夫婦のいずれかが40歳未満の世帯。
※2023年末までに新築の建築確認を受けた一般住宅は経過措置で借入限度額2,000万円・控除期間10年。

中古住宅の借入限度額

住宅区分	借入限度額	控除期間
認定住宅・ZEH水準・省エネ基準適合	3,000万円	10年
その他の中古住宅	2,000万円	10年

📢 令和8年度税制改正大綱の動向

令和8年度税制改正大綱では、住宅ローン控除の適用期限を令和12年（2030年）12月31日まで5年延長する方針が示されています。子育て・若者夫婦世帯の借入限度額上乗せ措置も拡充される方向です。改正は順次施行されるため、繰上返済・借換え・物件購入のタイミング判断には最新情報の確認が必要です。

控除額のシミュレーション

📐 シミュレーション前提条件

令和7年入居の認定長期優良住宅
子育て世帯（借入限度額5,000万円）
住宅ローン4,500万円・35年返済・固定金利1.5%
年収800万円（所得税率20%）

年	年末ローン残高(概算)	控除額(残高×0.7%)
1年目	4,400万円	308,000円
5年目	3,950万円	276,500円
10年目	3,360万円	235,200円
13年目	2,990万円	209,300円
13年合計	―	約338万円

13年で約338万円の節税効果。所得税で控除しきれない部分は住民税から控除（上限97,500円/年）されます。

必要書類リスト【住宅区分別】

初年度の確定申告で必要な書類は、住宅区分により異なります。共通書類と区分別の追加書類を整理します。

全員に共通する書類

書類名	入手先	タイミング
確定申告書(第一表・第二表)	国税庁/税務署	e-Taxまたは手書き
(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額の計算明細書	国税庁/税務署	e-Taxで自動計算
住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書	金融機関	10〜11月頃に郵送
建物・土地の登記事項証明書	法務局	引渡後すぐ取得可能
建物・土地の売買契約書/工事請負契約書のコピー	手元保管	―
マイナンバーカード(または通知カード+本人確認書類)	市区町村	―
源泉徴収票(会社員のみ・原本提示でなく内容入力)	勤務先	12月〜翌1月
本人名義の銀行口座情報(還付金振込先)	手元保管	―

住宅区分別の追加書類

住宅区分	追加で必要な書類
認定長期優良住宅	認定長期優良住宅建築等計画の認定通知書のコピー＋住宅用家屋証明書
低炭素住宅	低炭素建築物新築等計画認定通知書のコピー＋住宅用家屋証明書
ZEH水準省エネ住宅	住宅省エネルギー性能証明書または建設住宅性能評価書のコピー
省エネ基準適合住宅	住宅省エネルギー性能証明書または建設住宅性能評価書のコピー
中古住宅(築年数要件超)	耐震基準適合証明書/既存住宅性能評価書/既存住宅売買瑕疵保険のいずれか
買取再販住宅	買取再販住宅の証明書 + 増改築等の工事証明書
床面積40㎡以上50㎡未満	合計所得1,000万円以下を証する書類(源泉徴収票等)
補助金を受けた	補助金等の額を証する書類(交付決定通知書等)
親からの贈与を受けた	贈与税申告書(住宅取得等資金贈与の特例適用時)
連帯債務	連帯債務がある場合の住宅借入金等の年末残高の計算明細書

⚠️ よくある提出漏れ

省エネ基準適合住宅・ZEH水準住宅の確定申告では「住宅省エネルギー性能証明書」または「建設住宅性能評価書」のコピーが必須です。建築会社・ハウスメーカーから別途交付される書類で、引渡時に紛れ込んでいることが多いため要確認。提出漏れがあると控除そのものが受けられないので、早めの確認をおすすめします。

確定申告書の書き方【記入例】

確定申告書の作成は「（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書」から始めます。e-Taxの確定申告書等作成コーナーを使うと自動計算されますが、各項目の意味を理解しておくと入力ミスを防げます。

計算明細書の主な記入項目

記入項目	参照する書類	記入のポイント
住所・氏名・職業	―	住民票の住所と一致させる
居住開始年月日	住民票	引渡日でなく入居日
家屋・土地等の取得対価	売買契約書/請負契約書	税込価格(消費税含む)
家屋の総床面積	登記事項証明書	登記簿の床面積
あなたの持分	登記事項証明書	単独なら100%、共有なら持分割合
居住用部分の家屋の床面積	登記事項証明書	店舗併用なら居住部分のみ
年末ローン残高	年末残高証明書	12月31日時点の残高
不動産番号(または登記事項証明書添付)	登記事項証明書	番号記入で証明書添付省略可

計算明細書の数値記入例

仮設例：取得対価4,500万円・自分の持分100%・居住部分100%・年末ローン残高4,400万円・認定長期優良住宅・子育て世帯のケース

🧮 控除額の自動計算例

①取得対価：45,000,000円
②あなたの持分割合：100%
③あなたの持分に係る取得対価：45,000,000円
④年末ローン残高：44,000,000円
⑤あなたの持分に係る年末ローン残高：44,000,000円
⑥居住用部分割合：100%
⑦控除対象残高：44,000,000円
⑧借入限度額：50,000,000円(認定住宅・子育て世帯)
⑨控除対象残高(⑦と⑧の少ない方)：44,000,000円
⑩控除率：0.7%
⑪控除額：308,000円

確定申告書第一表・第二表への転記

計算明細書で算出した控除額を、確定申告書第一表「住宅借入金等特別控除」欄に記入します。会社員の場合の主な記入項目：

記入箇所	記入内容
第一表「収入金額等」給与	源泉徴収票の支払金額
第一表「所得金額等」給与	源泉徴収票の給与所得控除後の金額
第一表「所得から差し引かれる金額」	源泉徴収票の所得控除合計
第一表「税金の計算」住宅借入金等特別控除	計算明細書で算出した控除額
第一表「税金の計算」源泉徴収税額	源泉徴収票の源泉徴収税額
第一表「還付される税金」	源泉徴収税額 − 算出税額の差額

「控除証明書の交付を要しない場合」欄に注意

計算明細書の最下部「控除証明書の交付を要しない場合」欄には絶対に丸を付けないでください。丸を付けると税務署から年末調整用の控除証明書が発行されず、2年目以降の年末調整で住宅ローン控除を受けられなくなります。会社員は必ず空欄のまま提出してください。

e-Taxでの申告手順

最も効率的なのはe-Tax（確定申告書等作成コーナー）での申告です。マイナンバーカードとスマホがあれば自宅で完結します。

e-Tax入力の流れ

ステップ	作業内容
1	国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
2	「作成開始」→「所得税」→「マイナンバーカード方式」を選択
3	スマホ/ICカードリーダーでマイナンバーカードを認証
4	マイナポータル連携で源泉徴収票・控除証明書を自動取得(任意)
5	給与所得・各種所得控除を入力
6	「税額控除」→「住宅借入金等特別控除」を選択
7	居住開始年月日・住宅区分・取得対価・床面積・持分等を入力
8	年末ローン残高を入力(調書方式の場合は自動取得)
9	控除額が自動計算される
10	添付書類をPDF/画像で送信
11	送信→受信通知の確認→控えを保存

💡 実務のポイント：調書方式の対応金融機関なら年末残高証明書不要

2022年税制改正で導入された「調書方式」に対応している金融機関で借り入れた場合、年末残高情報が国税当局へ電子データで通知されるため、確定申告時の年末残高証明書の添付は不要です。e-Tax入力時に「金融機関から証明書を受け取らない」を選ぶと、自動取得モードに切り替わります。対応状況は金融機関に確認してください。

連帯債務・ペアローンの処理

夫婦で住宅を共有名義にして連帯債務やペアローンを組んだ場合は、夫婦それぞれが確定申告を行います。

連帯債務とペアローンの違い

項目	連帯債務	ペアローン
契約数	1本のローンを夫婦で連帯	夫婦各1本ずつ計2本
団信	通常は主債務者のみ	夫婦それぞれ加入可能
住宅ローン控除	負担割合に応じて夫婦各々	借入額に応じて夫婦各々
必要書類	連帯債務がある場合の年末残高計算明細書	各人の年末残高証明書

申告時の注意点

夫婦それぞれが控除を受けるには、それぞれが確定申告を行います。各人の取得対価分担額・年末ローン残高を計算し、登記簿の持分割合と整合させる必要があります。持分割合と負担割合がずれている場合、贈与税の対象となる可能性があるため要注意です。

妻が育休中の場合の落とし穴

連帯債務・ペアローンで妻が育休中で所得が少ない場合、妻側の控除が活用しきれずもったいないケースが発生します。所得税で控除しきれない部分は住民税からも控除されますが、住民税控除には上限（97,500円）があります。育休中で所得税が少ない年は、控除枠を活かしきれない可能性があるため、長期視点での試算が必要です。

確定申告ドットコム

大手監査法人出身の公認会計士・税理士が対応。
確定申告を 49,800円〜 で丸投げできます。

面倒な確定申告は専門家に丸投げ。会計ソフトの入力から提出まで、すべて代行します。

詳しくはこちらから →

2年目以降の年末調整への切替

初年度の確定申告が承認されると、2年目以降は会社員の方は年末調整で控除を継続できます。

2年目以降の必要書類

書類名	入手先・タイミング
年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書	税務署から10月頃郵送(残期間分まとめて)
住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書	金融機関から10〜11月頃郵送

これらを11月の年末調整時に勤務先へ提出すれば、年末調整で控除が反映されます。確定申告は不要です。

個人事業主の場合

個人事業主は2年目以降も自分で確定申告を続ける必要があります。年末調整の概念がないためです。毎年「年末残高証明書」を確定申告書に添付して申告します。

引っ越し・転勤時の注意

控除期間中に引っ越しで居住しなくなると、その年から控除を受けられなくなります。ただし転勤等の単身赴任で家族が引き続き居住していれば控除継続可能です。再入居した年からは控除を再開できますが、要件確認が必要です。

よくある間違いと提出時の注意点

実務でよく見かけるミスを整理しました。

よくある間違い	正しい対応
居住日と引渡日を混同	住民票の異動日(=居住日)を記入
省エネ性能証明書を提出忘れ	省エネ住宅は必須。建築会社に交付確認
「控除証明書の交付を要しない」に丸	空欄のまま。丸付けると2年目以降が面倒
取得対価に消費税抜き金額を記入	税込金額を記入
床面積40㎡未満	原則50㎡以上必要(40㎡特例の所得要件確認)
親族からの借入を住宅ローン扱い	金融機関等の借入のみ対象
勤務先からの低利借入を申告	金利0.2%以上等の要件あり、要件確認
連帯債務で1人だけ申告	負担割合に応じて夫婦それぞれ申告
合計所得2,000万円超で申告	所得制限超過時は適用不可
店舗併用住宅で全床面積を申告	居住用部分(原則1/2以上)に按分

ふるさと納税・医療費控除との併用判断

住宅ローン控除を受けると、ふるさと納税や医療費控除の効果が変わるため、組合せ判断が必要です。

ふるさと納税との関係

💡 実務のポイント：給与所得者は通常影響なし

給与所得者の場合、住宅ローン控除は所得税から先に差し引かれ、控除しきれない分が住民税から控除されます。ふるさと納税の特例分は住民税の所得割からの控除のため、住民税控除枠を奪い合うようでいて、実際は影響しないケースが多いです。ただし、初年度の確定申告でふるさと納税も併せて申告する場合、ワンストップ特例が使えなくなるため、寄附した自治体すべての寄附金受領証明書を集めて確定申告に含める必要があります。

医療費控除との関係

医療費控除は所得控除（課税所得から差し引く）、住宅ローン控除は税額控除（税額から差し引く）なので、両方受けられます。初年度に医療費控除も併せて申告する場合、確定申告書に両方の控除を記入します。

よくある質問（FAQ）

住宅ローン控除の初年度の確定申告は、いつまでに行えばよいですか？

入居した年の翌年2月16日〜3月15日が原則の確定申告期間です。ただし住宅ローン控除は還付申告にあたるため、入居翌年1月1日から5年以内であれば申告できます。期限内に申告できなくても5年以内なら還付されます。会社員で住宅ローン控除のみの場合は1月から提出可能なので、混雑を避けるため2月16日前の還付申告が便利です。

会社員でも初年度は必ず確定申告が必要ですか？

必要です。住宅取得・住宅ローンの要件審査が初回に必要なため、年末調整では完結しません。初年度の確定申告が承認されると、税務署から年末調整用の控除証明書が翌年10月頃に送付され、2年目以降は年末調整で控除を受けられます。個人事業主の方は2年目以降も毎年確定申告が必要です。

入居日と引渡日のどちらを「居住開始年月日」に記入しますか？

住民票上の異動日（実際に住み始めた日）を記入します。引渡日と居住日が異なる場合（例：引渡し12月でリフォーム完了後に1月入居）は、居住日が翌年扱いとなり、控除開始年がずれます。住民票の取得日を確認してください。「取得後6ヶ月以内に入居」要件もあるため、引渡しから半年以内の入居が必須です。

省エネ基準に適合しない一般住宅を令和7年に新築した場合、住宅ローン控除は受けられますか？

原則受けられません。令和6年以降の新築住宅は省エネ基準適合が事実上の必須要件となり、適合していない一般住宅は借入限度額が0円となります。ただし、2023年12月末までに建築確認を受けた場合は経過措置があり、借入限度額2,000万円・控除期間10年で適用可能です。建築確認の日付を確認してください。

夫婦の連帯債務で住宅ローンを組んでいます。確定申告はどう書きますか？

連帯債務の場合、夫婦の負担割合に応じて借入額・年末残高を按分して、それぞれが確定申告を行います。「連帯債務がある場合の住宅借入金等の年末残高の計算明細書」で按分計算を行い、各人の計算明細書に転記します。負担割合は登記簿上の持分割合と整合させる必要があります。ずれていると贈与税の対象となる可能性があるため要注意です。

住宅ローン控除で還付された金額はいつ振り込まれますか？

確定申告書の提出から1〜1.5ヶ月後に、申告書に記入した銀行口座へ振り込まれます。e-Taxで提出すると比較的早く、書面提出より2〜3週間早く処理されることもあります。「還付金処理状況」はe-Taxメッセージボックスで確認できます。3月の繁忙期は処理が遅れる傾向があるため、2月のうちに申告するのがおすすめです。

過去に住宅ローン控除を申告し忘れました。今からでも遡れますか？

遡れます。入居翌年1月1日から5年以内であれば還付申告できます。たとえば令和3年（2021年）に入居した方なら、2026年12月31日まで申告可能です。各年の年末残高証明書は金融機関に再発行依頼、登記事項証明書は法務局で取得できます。年単位で申告するため、5年分なら5回の申告書提出が必要です。当事務所ではこの遡及申告も対応しています。

中古住宅を購入したのですが、築年数が古くても控除を受けられますか？

中古住宅は一定の耐震基準を満たす必要があります。要件を満たさない場合でも、耐震基準適合証明書、既存住宅性能評価書、既存住宅売買瑕疵保険のいずれかで証明できれば控除可能です。令和4年以降は登記簿上の建築日付が「昭和57年1月1日以降」であれば耐震基準適合とみなされる「新耐震基準」要件に変更されました。

住宅ローン控除と「住宅取得等資金贈与の特例」を併用できますか？

併用できますが、贈与額分だけ住宅ローン控除の対象金額が圧縮されます。たとえば取得対価4,500万円のうち親から500万円贈与を受けた場合、住宅ローン控除の対象は4,000万円までとなります。贈与の特例を使うと贈与税は非課税になりますが、住宅ローン控除も所得税からの控除のため、両者を比較して有利な方を選ぶか、組合せの最適化を税理士に相談するのが安全です。

繰上返済をすると住宅ローン控除はどうなりますか？

繰上返済をすると年末ローン残高が減るため、控除額も減少します。極端な例として残期間が10年未満になると、住宅ローン控除そのものの要件（償還期間10年以上）を満たさなくなり、その年以降の控除が受けられなくなります。繰上返済で利息圧縮効果と控除減少効果のどちらが大きいかは、金利水準と残期間で判断が分かれます。当事務所では繰上返済前の試算も対応しています。

まとめ：住宅ローン控除初年度確定申告のポイント

📋 この記事のポイント

初年度は会社員でも確定申告が必要、2年目以降は年末調整で完結
令和6年以降の新築は省エネ基準適合が事実上の必須要件
令和7年入居は子育て・若者夫婦世帯に借入限度額の上乗せあり(最大5,000万円)
必要書類は10月〜翌1月にかけて収集。登記事項証明書は早めに取得
計算明細書の「控除証明書交付不要」欄は絶対に空欄(丸禁止)
連帯債務・ペアローンは夫婦それぞれが確定申告。負担割合と持分割合の整合必須
調書方式対応金融機関なら年末残高証明書の添付不要
申告し忘れても5年遡及可能。繰上返済前は試算してから判断
令和8年度税制改正大綱で2030年12月末まで延長方針

「初めての確定申告で何から手をつけていいかわからない」「省エネ基準適合の証明書類が揃っているか不安」「連帯債務の按分計算が難しい」「ふるさと納税や医療費控除との組合せを最適化したい」とお考えの方は、ぜひ鮎澤パートナーズにご相談ください。住宅ローン控除の初年度申告から2年目以降の年末調整書類サポート、繰上返済前のシミュレーションまで、税理士が一貫してサポートいたします。