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鮎澤パートナーズ｜税理士・公認会計士・社会保険労務士・行政書士
税理士（第142873号）・公認会計士（第28451号）・社会保険労務士・行政書士が監修。年間500件以上の確定申告を支援。

📋 税理士監修 💻 SES・受託・SaaS全対応 🌐 海外PF収入も解説

副業エンジニアの確定申告完全ガイド【SES・受託開発・SaaS収入】

副業エンジニアの確定申告を、税理士がエンジニア業務に特化して完全解説。SES・受託開発・SaaS収入の所得区分マッピング、エンジニア業務が源泉徴収対象外である根拠、エンジニア特有経費12科目、フリーランスエージェント手数料処理、Apple/Google・GitHub Sponsors等の海外プラットフォーム収入、青色申告で65万円控除を取る要件まで実務目線で網羅します。

🏆 結論：契約形態と業務内容で所得区分が分岐。受託・SaaSは事業所得認定が現実的

副業エンジニアの所得区分は契約形態で大きく異なります。準委任・派遣のSES（給与）は給与所得、業務委託のSES・受託開発・SaaS収入は雑所得（業務）または事業所得です。エンジニア業務は原則として源泉徴収の対象外（士業・原稿料等の限定列挙に該当しない）のため、報酬は満額振込されます。受託開発・自社SaaSは継続性・営利性の証明が容易で事業所得認定されやすく、青色申告65万円控除＋損益通算で年20万円超の節税効果が見込めます。海外プラットフォーム収入は外貨換算と消費税の扱いに注意が必要です。

副業エンジニアの3つの契約形態と所得区分

エンジニアの副業は、契約形態と業務内容により所得区分が大きく異なります。確定申告の最初のステップは、自分の収入が何の所得かを正確に判定することです。

エンジニア副業の主要な働き方

働き方	契約形態	所得区分	代表例
SES（業務委託）	準委任契約・業務委託	雑所得or事業所得	レバテックフリーランス・直接案件
SES（派遣）	労働者派遣契約	給与所得	派遣エンジニア・客先常駐
受託開発	請負契約	雑所得or事業所得	Web制作・アプリ開発・システム構築
SaaS自社運営	利用者との直接契約	事業所得	サブスクSaaS・モバイルアプリ
アプリストア収入	プラットフォーム規約	事業所得or雑所得	App Store・Google Play
技術書執筆	出版契約	雑所得or事業所得	技術書・Zenn・Qiita Books

準委任SESと派遣SESの判別

「SES」と一括りにされがちですが、準委任契約と派遣契約では所得区分が決定的に異なります。

判定要素	準委任SES（雑/事業所得）	派遣SES（給与所得）
指揮命令	エンジニア自身（自己責任）	派遣先の上司
勤務時間管理	自由（成果物ベース）	派遣先のタイムカード
設備・道具	自己負担（PC等）	派遣先支給
複数契約	自由	派遣元との雇用契約のみ
経費計上	可能	不可（給与所得控除のみ）

判別が難しい場合は、契約書のタイトル・指揮命令系統・報酬の支払元（派遣会社か直接クライアントか）で判断します。給与所得の場合は副業先からも源泉徴収票が発行されます。

エンジニア業務は源泉徴収の対象外

副業ライターと大きく異なる点として、エンジニアの業務報酬は原則として源泉徴収の対象外です。

源泉徴収義務の対象報酬は限定列挙

所得税法第204条第1項により源泉徴収義務がある報酬は以下に限定されており、エンジニア業務は含まれません。

源泉徴収対象	源泉徴収率
原稿料・講演料・翻訳料	10.21%（100万円超部分20.42%）
弁護士・税理士等の士業報酬	10.21%（100万円超部分20.42%）
デザイン料・著作権使用料	10.21%（100万円超部分20.42%）
芸能人・モデル等の報酬	10.21%（100万円超部分20.42%）

エンジニア業務（プログラミング・SES・受託開発・サーバー構築等）は、これら源泉徴収対象の限定列挙に該当しないため、原則として源泉徴収されません。請求金額がそのまま満額振込されます。

エンジニアでも源泉徴収される例外ケース

ただし、以下のケースではエンジニアでも源泉徴収されます。

ケース	源泉徴収の理由
技術書の執筆	原稿料として源泉徴収
技術系メディアへの寄稿	原稿料として源泉徴収
技術勉強会・セミナーの講演	講演料として源泉徴収
Webデザイン込みの制作（デザイン要素が主）	デザイン料として源泉徴収
著作物としてのソースコード使用許諾	著作権使用料として源泉徴収

副業エンジニアでも、技術書執筆・技術ブログ寄稿・登壇・デザイン要素のあるWeb制作は源泉徴収されるため、確定申告で還付申告できます。

副業エンジニアの所得区分判定

副業エンジニアの収入は雑所得か事業所得かで節税メリットが大きく異なります。

受託開発・SaaS収入は事業所得認定されやすい

エンジニアの副業の中でも、以下の業務形態は事業所得認定される可能性が高いです。

業務形態	事業所得認定されやすい理由
受託開発（請負契約）	案件単価が高く（数十万〜数百万円）、自己責任で遂行
SaaS自社運営	継続的な収益・反復性が明確
アプリストア収入（継続）	プラットフォーム経由の継続的収益
準委任SES（複数案件）	複数クライアント・継続契約・営利性

エンジニアは専門知識・技術力を活用した業務であり、社会通念上の事業性が認められやすい職種です。技術書執筆・ブログ等の「単発・偶発的な収入」は雑所得認定されやすい点に注意してください。

事業所得認定の3条件（エンジニア向け）

条件	エンジニア向け具体策
①開業届の提出	「ITサービス業」「システム開発業」等で税務署に提出
②帳簿書類の保存	会計ソフトで複式簿記、領収書をクラウド保管
③社会通念上の事業性	継続的な案件・営業活動の証跡（ポートフォリオ・GitHub等）

GitHubの活動履歴・ポートフォリオサイト・LinkedIn・登壇歴等は、事業性を示す客観的な証跡として有効です。

エンジニア業務の必要経費12科目

エンジニア業務に特有の必要経費を、確定申告で使う勘定科目別に整理します。

勘定科目	具体例	按分
支払手数料	クラウドサーバー（AWS/GCP/Azure/さくら）・ドメイン代・SSL	全額
通信費	インターネット代・スマホ代・ポケットWi-Fi	業務使用50〜70%
減価償却費	PC・モニター・サーバー・周辺機器（10万円超）	PC4年・サーバー6年
消耗品費	キーボード・マウス・USB・ケーブル類（10万円未満）	業務専用なら全額
ソフトウェア使用料	JetBrains・Adobe・GitHub Copilot・Notion・Figma	全額
研修費・新聞図書費	Udemy・技術書・公式ドキュメント・有料Qiita	業務関連なら全額
支払手数料	フリーランスエージェント手数料・振込手数料	全額
旅費交通費	クライアント訪問・勉強会・出張	業務分のみ全額
会議費	クライアントとの打合せ飲食代（1人5,000円以下）	業務関連なら全額
広告宣伝費	ポートフォリオサイトのドメイン代・名刺・SEO広告	全額
外注費	デザイナー・他エンジニアへの業務委託	全額
水道光熱費・地代家賃	電気代・自宅家賃（事業所得のみ）	床面積比・時間比

クラウドサーバー費用の処理

エンジニアにとって最も頻繁に発生する経費がクラウドサーバー費用（AWS・GCP・Azure等）です。利用形態により処理が異なります。

利用形態	勘定科目	注意点
クライアント案件用（請求書で経費計上）	支払手数料	クライアント請求と相殺可
自社SaaSの運営費	支払手数料	事業の継続的経費
学習・検証用	研修費	業務関連性を説明できるように

クラウドサーバーの請求書（インボイス）はAWS等から自動発行されます。海外法人からの請求の場合、消費税のリバースチャージ方式に注意が必要です。

フリーランスエージェント手数料の処理

レバテックフリーランス・Midworks・PE-BANK等のエージェントを使う場合、手数料（10〜30%）の処理は以下の通りです。

💡 エージェント手数料の正しい処理

明細開示型（手数料が明示される）：契約金額（額面）を収入計上、手数料を「支払手数料」で経費計上
マージン非開示型（手取り額のみ提示）：実際に振り込まれる金額を収入計上（経費なし）

明細開示型のほうが消費税のインボイス対応上も有利です。エージェントから明細を取得しておきましょう。

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海外プラットフォーム収入の処理

副業エンジニアでは、海外プラットフォームから収入を得るケースが多くあります。特殊な処理が必要です。

主要な海外プラットフォーム

プラットフォーム	収入の種類	処理
Apple App Store	アプリ売上・サブスク	事業所得・USDで収入計上
Google Play	アプリ売上・サブスク	事業所得・USDで収入計上
GitHub Sponsors	スポンサー収入	雑所得or事業所得
Patreon	サポーター収入	雑所得or事業所得
Amazon AWS Marketplace	AWS上のサービス販売	事業所得
Stripe（決済）	自社サービス決済	事業所得

外貨収入の円換算ルール

海外プラットフォームからの収入は、日本円に換算して確定申告します。

収入のタイミング	換算レート
取引日（売上計上日）	取引日のTTM（仲値）
入金日（円口座振込日）	入金日のレートで実際換算

実務では、取引日のレートで売上計上→入金日のレート差（為替差損益）を別途計上する処理が原則ですが、副業規模なら入金日のレートで一括計上する簡便処理も認められます。

海外プラットフォームの消費税の扱い

取引	消費税の扱い
海外利用者向けの収入（Apple/Google）	輸出免税（消費税不課税）
国内利用者向けの収入	課税売上（10%）
海外法人へのAWS等支払い	リバースチャージ方式（事業者向け電気通信利用役務）

App Store/Google Playは利用者の所在国により課税扱いが異なります。プラットフォームから国別売上明細を取得して集計してください。

確定申告のステップ

副業エンジニアの確定申告手順を整理します。

ステップ1：必要書類と収入記録

書類・データ	入手元
本業の源泉徴収票	本業の会社
クライアントへの請求書・契約書	自分で発行・保管
フリーランスエージェントの明細	エージェント管理画面
クラウドサーバーの請求書	AWS Console等
アプリストアの売上レポート	App Store Connect・Google Play Console
経費の領収書・レシート	自分で保管
マイナンバーカード	市区町村役場

ステップ2：会計ソフトで帳簿付け

エンジニアならGitHub等の使用に慣れているため、会計ソフトもクラウド型がおすすめです。

会計ソフト	月額	エンジニア向け特徴
freee会計	980〜2,980円	API連携・SaaS連携豊富
マネーフォワードクラウド	980〜2,980円	銀行・カード連携が強い
弥生のクラウド	800〜1,300円	最安・初心者向け

ステップ3：確定申告書の作成と提出

e-Tax（マイナンバーカード方式）が最も効率的です。確定申告書第一表に給与所得（本業）と事業所得or雑所得（副業）を記入し、第二表で「住民税は自分で納付」を選択して副業バレを防止します。

事業化の節税効果と独立への準備

副業エンジニアが事業化（青色申告）すると、節税効果が大きく独立への準備にもなります。

青色申告の節税効果（年収例）

🧮 副業エンジニアの節税効果試算

本業給与年収700万円・副業エンジニア年収300万円・経費50万円のケース

雑所得（白色申告）：所得250万円 × 税率30% = 75万円の追加税負担
事業所得（青色申告65万円控除）：所得185万円（250万-65万）× 税率30% = 55.5万円
年間節税額：19.5万円

さらに、赤字の年は給与所得との損益通算で本業の所得税還付。3年間の純損失繰越で将来の黒字とも相殺可能です。

独立への準備としての副業

副業エンジニアの収入が本業を超えるレベル（年収500万円超）になったら、独立を視野に入れたタイミングです。

独立準備	タイミング
開業届＋青色申告承認申請書	副業開始時または独立1〜2年前
クライアント基盤の確立	独立6か月前までに3社以上の継続契約
法人化の検討	事業所得800万円超で検討開始
小規模企業共済加入	事業所得が安定したタイミング

法人化（マイクロ法人）は事業所得800万円超で社会保険料・所得税負担の最適化が見込めるラインです。エンジニアは法人化のメリットが大きい職種です。

よくある質問（FAQ）

エンジニア業務は本当に源泉徴収されないのですか？

原則として源泉徴収されません。所得税法第204条第1項の限定列挙（原稿料・士業報酬・デザイン料・芸能人報酬等）にエンジニア業務は含まれていないためです。プログラミング・SES・受託開発・サーバー構築等の報酬は満額振り込まれます。ただし、技術書執筆（原稿料）・セミナー登壇（講演料）・Webデザイン込みの制作（デザイン料）の場合は源泉徴収されるため、確定申告で還付申告できます。

SES案件の所得区分は雑所得ですか事業所得ですか？

契約形態と継続性で異なります。準委任SES（業務委託）で複数案件・継続契約・月単価の高い案件なら事業所得認定の可能性が高いです。一方、派遣SES（労働者派遣契約）は給与所得です。判別は契約書のタイトル・指揮命令系統・支払元（派遣会社or直接クライアント）で判断してください。給与所得の場合、副業先からも源泉徴収票が発行されます。

クラウドサーバー（AWS等）の費用は経費になりますか？

業務関連なら全額経費計上できます。クライアント案件用・自社SaaS運営用・学習検証用すべて経費対象。請求書（インボイス）はAWS等から自動発行されます。海外法人（Amazon Web Services Inc.等）からの請求の場合、消費税のリバースチャージ方式（事業者向け電気通信利用役務の提供）に注意。基準期間の課税売上1,000万円超の事業者は消費税申告でリバースチャージの計算が必要です。

App StoreやGoogle Playの収入はどう申告しますか？

事業所得（または雑所得）として申告します。プラットフォームから売上レポートを取得し、月別・国別の売上を集計。海外利用者向けは輸出免税（消費税不課税）、国内利用者向けは課税売上（10%）で扱います。USD建ての場合は取引日のTTMで円換算。Apple/Googleはストア手数料（15〜30%）を引いた額が振り込まれますが、収入は契約金額（手数料控除前）で計上し、手数料を「支払手数料」で経費計上するのが正しい処理です。

フリーランスエージェント経由の案件はどう処理しますか？

明細開示型（手数料が明示される）と非開示型（手取りのみ提示）で処理が異なります。明細開示型は契約金額（額面）を収入、手数料を「支払手数料」で経費計上。非開示型は実際の振込額を収入計上（経費なし）。明細開示型のほうがインボイス対応上も有利なため、エージェントから明細を必ず取得してください。レバテックフリーランス・Midworks・PE-BANK等は明細開示型が多数です。

GitHub SponsorsやPatreonの収入は申告必要ですか？

必要です。事業所得または雑所得として申告。継続的に得ているなら事業所得、不定期なら雑所得。USD建ての収入は取引日のTTMで円換算。海外法人からの収入は輸出免税（消費税不課税）になりますが、所得税は通常通り課税されます。GitHub・Patreonからは年次の売上レポートが取得できます。所得税申告と並行して住民税の徴収方法選択も忘れずに。

エンジニア副業を青色申告にすると年いくら節税できますか？

所得・税率により異なりますが、年20〜30万円超の節税効果が一般的です。青色申告特別控除65万円×税率30%（所得税20%＋住民税10%）＝19.5万円が直接的な節税。さらに、損益通算（赤字を給与と相殺）・3年間の純損失繰越控除・少額減価償却資産特例（30万円未満一括費用）・青色事業専従者給与（家族への給与全額経費）も使えるため、合計で年30万円超の節税になるケースもあります。

本業の会社にエンジニア副業がバレないようにできますか？

事業所得・雑所得の副業なら、確定申告書第二表で「住民税は自分で納付（普通徴収）」を選択することでバレ難度を下げられます。エンジニア副業は基本的に業務委託契約のため、給与所得バイトのバレやすさはありません。ただし、SNS（GitHub・Twitter・LinkedIn等）での実名活動・本業の同僚との偶然の遭遇等の人的経路でバレるケースは別途あります。実名でのテック発信は特に要注意です。

独立を視野に入れた副業ならどんな準備が必要ですか？

①開業届＋青色申告承認申請書を早めに提出（青色申告したい年の3月15日まで）、②3社以上の継続クライアント基盤の確立、③ポートフォリオサイト・GitHub・LinkedIn等の整備、④小規模企業共済への加入（事業所得安定後）、⑤事業所得800万円超で法人化（マイクロ法人）の検討、⑥iDeCo・経営セーフティ共済等の節税制度活用、を進めることをおすすめします。当事務所では独立準備からの伴走支援も多数実績しています。

副業エンジニアの確定申告を税理士に依頼するメリットは何ですか？

①SES・受託・SaaSの所得区分の最適判定、②エンジニア特有経費の網羅的計上（クラウド・ソフトウェア・学習費等）、③青色申告化と節税最大化、④海外プラットフォーム収入の正しい処理、⑤フリーランスエージェント手数料の処理、⑥消費税インボイス対応・リバースチャージ判定、⑦独立・法人化の戦略相談など、論点が多岐にわたります。税理士費用5〜15万円が相場ですが、節税効果が依頼料を上回るケースが大半。当事務所はエンジニアの副業税務相談を多数実績しています。

まとめ：副業エンジニア確定申告のポイント

📋 この記事のポイント

エンジニア業務は原則として源泉徴収対象外（限定列挙に含まれない）
準委任SES・受託開発・SaaS収入は雑所得or事業所得、派遣SESは給与所得
受託開発・自社SaaSは事業所得認定されやすく青色申告のメリット大
エンジニア特有経費12科目：クラウドサーバー・ソフトウェア・PC・通信費等
クラウドサーバー（AWS/GCP/Azure）の海外法人請求はリバースチャージ注意
フリーランスエージェントは明細開示型が処理上有利
App Store/Google Play等の海外PF収入は輸出免税＋外貨換算
GitHub Sponsors・Patreon収入も雑所得or事業所得として申告必要
青色申告で年20〜30万円超の節税効果が一般的
事業所得800万円超で法人化（マイクロ法人）の検討タイミング

「SES・受託・SaaSの所得区分を最適判定したい」「エンジニア特有の経費を網羅的に計上したい」「青色申告に切り替えて65万円控除を使いたい」「App Store/Google Play・GitHub Sponsors等の海外収入の処理を相談したい」「インボイス・リバースチャージの対応を相談したい」「独立・法人化を視野に入れた所得設計をしたい」とお考えの方は、ぜひ鮎澤パートナーズにご相談ください。エンジニアに特化した税務相談を年間多数対応しています。税理士・社労士・行政書士のワンストップで、確定申告から青色申告化、海外PF対応、独立支援、法人化まで一貫サポートいたします。